Je pense que ça a à voir avec la consanguinité : lorsqu'une espèce est quasiment disparue, le nombre d'individus restant est trop faible pour permettre une bonne diversité génétique. En gardant ces espèces en vie, on crée de la consanguinité qui finit par créer des dégénérescences, qui se traduisent par des troubles physiques et mentaux sur les individus.
Mais la nature étant bien faite, au bout d'un certain temps, les mutations sont si importantes que soit les individus ont une espérance de vie trop faible pour pouvoir se reproduire, soit ils deviennent stériles.
Aujourd'hui les zoos ont des politiques assez strictes concernant la reproduction, ils s'échangent des individus pour maintenir le maximum de diversité génétique avec une population quand même limitée. Mais certains ne participent pas à cet effort et ça crée des problèmes. Une soigneuse nous avait expliqué, par exemple, que les bébé panda roux attirent les foules, donc pas mal de zoos les font reproduire souvent pour assurer une bonne fréquentation, mais à moyen/long terme cela posera forcément problème.
(un excellent exemple de ce phénomène, c'est les familles royales d'Europe. A force de se reproduire entre eux ils ont concentré tout un tas de problèmes tels que l'hémophilie (parti de la reine Victoria d'Angleterre, c'est allé chez les Tsar de Russie, et également en Espagne je crois), le prognathisme très fort chez les Habsbourg (tellement fort vers la fin que certains membres n'arrivaient plus à parler, mâcher, ou rentrer leur langue dans leur bouche !), et plein d'autres problèmes comme les jambes de longueur différente)